Большинство студентов начинают свою работу в гербарии с 3-го курса во время специализации по кафедре ботаники. Студенты выполняют в Гербарии курсовые и дипломные работы под руководством сотрудников Гербария и преподавателей кафедры ботаники, обучаются первичной o6pa6отке полевых материалов, участвуют в работе экспедиций и научных проектах, выполняемых в Гербарии.
При чтении лекций по систематике растений используется учебный гербарий – коллекция гербарных образцов, специально предназначенных для демонстрации. Эта коллекция включает не только виды растений сибирской флоры, но и растения европейской части России, Кавказа, Средней Азии, Дальнего Востока России, Западной Европы, Америки, Восточной Азии.
Гербарий Томского университета играет большую роль в подготовке кадров высшей квалификации. Материалами Гербария пользуются аспиранты и докторанты Томского университета и других университетов России.
В Гербарии проводится просветительская работа. Для студентов биолого-почвенного и других факультетов ТГУ и других университетов Томска, школьников, учащиеся колледжей проводятся экскурсии и читаются лекции об истории создания Гербария, его работе, роли в изучении растительного покрова Сибири; в лекциях слушатели знакомятся с редкими, лекарственными, кормовыми и ядовитыми растениями флоры Сибири. Для таких лекций используются специально подготовленные в Гербарии тематические коллекции - коллекции практически ценных, редких и исчезающих видов растений.
С богатейшими материалами Гербария работают многие иногородние ученые, ведущие научную работу в области систематики и флористики. Гербарий посещают делегации, приезжающие в Томск и Томский университет, участники многочисленных симпозиумов, конференций и семинаров, проводимых в Томском университете.