Hаучная деятельность биологов в Томском унивеpситете началась в 1885 г., за тpи года до официального откpытия унивеpситета, когда в Томск из Казанского университета приехал ботаник П.Н. Крылов. Сразу же по приезду этот энергичный человек приступил к созданию Ботанического сада и Гербария, проделав при этом исключительно большую организационную работу.Открывшийся в 1888 году Томский университет первоначально имел только один медицинский факультет, на котором были созданы две биологические кафедры - ботаники, а также зоологии и сравнительной анатомии. В значительной мере биологическую направленность имели и две медицинские кафедры - нормальной физиологии и гистологии с эмбриологией. Таким образом, биология в Томском университете в первый период своей истории (1888-1917) развивалась главным образом на этих четырех кафедрах. У ее истоков стояли крупные ученые: гистологи - А.С. Догель, А.Е. Смирнов и С.Г. Часовников; анатом - К.Н. Виноградов; физиологи - В.Н. Великий, А.А. Кулябко; ботаники - С.И. Коржинский, В.В. Сапожников, П.Н. Крылов, зоологи - Н.Ф. Кащенко, Г.Э. Иоганзен, М.Д. Рузский. Они оставил и неизгладимый след в истории Томского университета, как основоположники ряда направлений в биологических исследованиях и создатели самобытной сибирской биологической школы. Второй период в развитии биологии начинается с открытия в 1917 г. физико-математического факультета, на котором было организовано биологическое отделение, где вскоре происходят некоторые преобразования и открытие новых биологических кафедр. В 1933 году университет вновь перешел на факультетскую систему и среди прочих был открыт биологический факультет. Поэтому именно этот год можно считать годом рождения биологического факультета, с него и начинается третий этап развития биологии в Томском университете. В 1948 году в состав биологического факультета была введена кафедра почвоведения, и с этого времени факультет, уже ровно полвека, называется биолого-почвенным.
Большую роль в усилении биологических исследований факультета сыграли открывающиеся при университете научно-исследовательские институты, которые задумывались как лабораторно-исследовательская база факультета. Первый профильный Биологический научно-исслед овательский институт, был открыт в 1935 году по инициативе профессора В.В. Ревердатто. Однако в октябре 1941 года институт закрывают в связи с условиями военного времени. Тем ни менее за короткий период своего существования Биологический институт успел р азвернуть широкие исследования по всем направлениям научной деятельности факультета. А через 27 лет, в 1968 году при Томском университете начинает свою деятельность НИИ биологии и биофизики, первым директором которого стал В.А. Пегель. Открытие НИИ ББ, в составе которого было сформировано 12 лабораторий, подняло биологические исследования в университете на качественно новый уровень.
С 2022 года программы бакалавриата «Агрономия» и магистратуры «Инновационные технологии в АПК», «Генетика, геномика и синтетическая биология», «Физиология, биохимия, биотехнология и биоинформатика растений и микроорганизмов» реализуется совместно с Передовой инженерной школой НИ ТГУ «Агробиотек».
Деканы факультета за весь период:
В.П.Чехов (1932-1933);
Н.Н.Лавров (1933-1934);
П.В.Савостин (1934-1936);
П.А.Никитин (1936);
А.В.Морозов (1936-1939);
Б.Г.Иоганзен (1939-1942);
А.И.Купцов (1942-1943);
В.В.Ревердатто (1943-1944);
Р.П.Бережков (1944);
Б.Г.Иоганзен (1944 -1948);
Л.В.Шумилова (1948);
С.А.Коляго (1949-1950);
М.М.Окунцов (1951-1952);
А.В.Коваленок (1952-1953);
Б.Г.Иоганзен (1954-1964);
И.П.Лаптев (1964);
В.В.Крыжановская (1965);
А.В.Положий (1965-1969);
М.Г.Танзыбаев (1969-1973);
Б.Г.Иоганзен (1973-1985);
М.Г.Танзыбаев (1985-1988);
Г.П.Островерхова (1988);
А.С.Ревушкин (1988-1993);
А.В.Огородников (1993-1998);
С.Н.Кирпотин (1998-2003);
Директора Биологического института:
С.П. Кулижский (2003-2014); c 2007 г. директор Биологического Института ТГУ;
Д.С. Воробьев (с 2014).